胃蛋白酶是一种胃里产生的主要酸性蛋白水解酶，通过裂解内部肽键消化蛋白质。与其他肽酶不同的是，胃蛋白酶仅水解肽键，而不水解酰胺键或酯键。当含硫氨基酸接近肽键时，易于水解；胃蛋白酶可优先裂解苯丙氨酸和亮氨酸的羧基端，对谷氨酸残基的羧基侧具有较高亲和力。裂解胰岛素β链的Phe-Val，Gln-His， Glu-Ala，Ala-Leu，Leu-Tyr，Tyr-Leu，Gly-Phe，Phe-Phe和Phe-Tyr键。胃蛋白酶可被一些含苯丙氨酸的肽段抑制。

 

胃蛋白酶通常用于消化肽段，从抗体中制备Fab片段。